O xaxim deve ser armazenado em ambiente arejado, pois, mesmo após a secagem, o produto apresenta muita umidade. Não deve ser guardado em lugares fechados e não pode ser embrulhado em plásticos ou outros materiais que impeçam a saída da umidade. Nesse caso, será grande a possibilidade de desenvolvimento de mofo, que pode recobrir toda a superfície do vaso. Se isso ocorrer, o xaxim deve ser descartado, pois o mofo emite partículas (esporos) que podem ser prejudiciais à saúde humana.

O xaxim agroecológico pode ser embalado, mas devem ser utilizados materiais que permitam a saída da umidade, como embalagens de plástico com pequenas perfurações, muito utilizadas para embalar pão. Caso seja necessário acomodá-los em caixas lacradas para transporte, é recomendado que dentro destas sejam colocados produtos com poder de absorção da umidade, como aqueles que impedem a formação de mofo em roupas guardadas em armários. Quando armazenado de forma correta, o xaxim tem uma vida de prateleira superior a dois anos, sem aparentar qualquer deterioração.

Como o xaxim agroecológico é mais frágil que o xaxim original, seu transporte e manuseio exigem maiores cuidados. Deve ser evitado qualquer tipo de impacto ou queda. Uma forma de reduzir os danos é preencher, provisoriamente, o orifício central, com papel ou outro material. Se houver rachadura ou outros pequenos danos na superfície externa do xaxim, estes podem ser facilmente reparados por meio do derretimento da cera, com o auxílio de um secador de cabelo ou soprador térmico.

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